Σκοπός της η διάσωση, διατήρηση και διαφύλαξη της πολιτιστικής κληρονομιάς του Ποντιακού Ελληνισμού, η μεταλαμπάδευση των ηθών και εθίμων, της τρισχιλιόχρονης παράδοσης των Ποντίων, η διεθνοποίηση της Γενοκτονίας των Ελλήνων του Πόντου, καθώς και η υποστήριξη των Ελλήνων των χωρών της πρώην ΕΣΣΔ.

Εδώ και 36 χρόνια, το έργο της παραμένει σημαντικό και καθοριστικό για την πορεία των εξελίξεων στον ποντιακό χώρο. Ανταποκρίνεται με γρήγορους ρυθμούς στο κάλεσμα των καιρών και στέκεται στο ύψος των περιστάσεων, προκειμένου να επιλύσει τα προβλήματα που δημιουργούνται, κυρίως όσον αφορά τους Ποντίους πρόσφυγες από την πρώην Σοβιετική Ένωση.

 Η Ομοσπονδία πραγματοποιεί τακτικές γενικές συνελεύσεις των σωματείων - μελών μια φορά το χρόνο και έκτακτες, όποτε κρίνεται σκόπιμο.
Επίσης πραγματοποιεί: Περιφερειακές Συνδιασκέψεις τουλάχιστον μια φορά το χρόνο, ανά γεωγραφικό διαμέρισμα της Ελλάδας, Ημερίδες - Προσυνέδρια - Συνέδρια, Προγράμματα επιμόρφωσης των Παλιννοστούντων Ελληνοποντίων σε θέματα γλώσσας, κοινωνικής ένταξης, πολιτιστικών ανταλλαγών Νεολαίας. Η μέριμνα της ΠΟΠΣ για τους Παλιννοστούντες αποδεικνύει κάθε μέρα τη δυναμική και το ρόλο που διαδραματίζει ως προς την επαγγελματική και οικονομική αποκατάσταση, καθώς και την κοινωνική τους ένταξη, σε ένα κοινωνικό σύνολο που ακόμα παραμένει επιφυλακτικό.

• Με τον ΡΑΔΙΟΦΩΝΙΚΟ ΣΤΑΘΜΟ ΠΟΝΤΙΩΝ FM 101,3 STEREO, που λειτουργεί από το 1989 και την εφημερίδα "ΔΕΣΜΟΣ" που εκδίδει περιοδικά, η ΠΟΠΣ παρέχει πληροφόρηση για ζητήματα που αφορούν την Ιστορία και τον Πολιτισμό του Πόντου, όπως και για άλλα ζητήματα Εθνικού ενδιαφέροντος και σημασίας.

•Δημιούργησε από το 1988 προϋποθέσεις για πολιτιστικές ανταλλαγές μεταξύ Ελλάδας και πρώην Σοβιετικής Ένωσης, με Προγράμματα που στηρίχτηκαν στις δυνάμεις της και αυτές των σωματείων-μελών της.

•Συνεργάζεται από το 1992 με την Γενική Γραμματεία Αποδήμου Ελληνισμού, για την υλοποίηση Προγραμμάτων Κατάρτισης των Ελληνοποντίων Προσφύγων στη Νεοελληνική Γλώσσα και Επιμόρφωσης Ελληνοποντίων Επιστημόνων στον Τομέα της Επαγγελματικής-Επιστημονικής Ορολογίας, με επιτυχία.

•Συμμετείχε ενεργά με το δυναμικό της, στη διοργάνωση των Α΄, Β΄, Γ΄, Δ' και Ε΄ ΠΑΓΚΟΣΜΙΩΝ ΣΥΝΕΔΡΙΩΝ ΠΟΝΤΙΑΚΟΥ ΕΛΛΗΝΙΣΜΟΥ, που πραγματοποιήθηκαν στην Θεσσαλονίκη: το 1985,  1988, 1992, 1997 και 2001 με την παρουσία των ΠΡΩΘΥΠΟΥΡΓΩΝ, κ. Ανδρέα Παπανδρέου, κ. Κωνσταντίνου Μητσοτάκη, κ. Κώστα Καραμανλή, εκπροσώπων όλων των Κομμάτων και την συμμετοχή σε κάθε συνέδριο μέχρι και 650 Αντιπροσώπων Ποντιακών Οργανώσεων απ΄ όλο τον Κόσμο. Σ΄ αυτά  συζητήθηκαν ΕΘΝΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ, θέματα του Ελληνισμού της ΔΙΑΣΠΟΡΑΣ, πολιτισμού και ιστορίας, που αναφέρονται στον Ελληνισμό του Πόντου, καθώς και τα θέματα των Ελλήνων της πρώην ΕΣΣΔ και της Γενοκτονίας των Ελλήνων του Πόντου.

•Το 1993 μετά από συνάντηση με τον  Πρωθυπουργό Ανδρέα Παπανδρέου, συνεχείς πιέσεις της ΠΟΠΣ προς την Ελληνική Πολιτεία, συλλαλητήρια, επιστημονικές ημερίδες, συνέδρια και ύστερα από πρόσκλησή της προς τους 28 Βουλευτές Ποντιακής καταγωγής, του Ελληνικού Κοινοβουλίου , ομάδα Βουλευτών κατέθεσε σχετικό σχέδιο νόμου για την Γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου. ΄Ετσι το Ελληνικό Κοινοβούλιο, το Φεβρουάριο του 1994 με την συναίνεση όλων των κομμάτων όρισε την 19η Μαΐου, ως Ημέρα Εθνικής Μνήμης της Γενοκτονίας των Ελλήνων του Πόντου.

•Από το 1987, η ΠΟΠΣ πραγματοποιεί κάθε χρόνο εκδηλώσεις απόδοσης μνήμης στα 353.000 θύματα της τουρκικής θηριωδίας. Σ΄ αυτές πήραν μέρος ως ομιλητές  δεκάδες προσωπικότητες της πολιτικής και της επιστημονικής κοινότητας όπως: Αντώνης Σαμαράς (Υπουργός Εξωτερικών), Θεόδωρος Κατσανέβας (Βουλευτής), ΄Ακης Τσοχατζόπουλος (Υπουργός Εθνικής ΄Αμυνας), Ευάγγελος Βενιζέλος (Υπουργός Πολιτισμού), Θεόδωρος Πάγκαλος (Υπουργός Εξωτερικών), Κώστας Καραμανλής (Πρωθυπουργός), Σάββας Τσιτουρίδης (Υπουργός Εργασίας), Απόστολος Κακλαμάνης (Πρόεδρος Βουλής), Λιάνα Κανέλλη (Βουλευτής), Γεώργιος Ορφανός (Υφυπουργός Αθλητισμού), Θρασύβουλος Λαζαρίδης (Δήμαρχος Καλαμαριάς), Βενιαμίν Καρακωστάνογλου (Διεθνολόγος-Καθηγητής Πανεπιστημίου), Νεοκλής Σαρρής (Καθηγητής Πανεπιστημίου), Αχιλλέας Ανθεμίδης (Dr Νομικής-συγγραφέας), Παρύσατης Παπαδοπούλου (Καθηγήτρια Πανεπιστημίου), Κυριακή Ξανθοπούλου (Καθηγήτρια Πανεπιστημίου), Ελένη Γαβρά (Καθηγήτρια Πανεπιστημίου), Δημήτρης Σταυριώτης (Ιστορικός-συγγραφέας), Πολυχρόνης Ενεπεκίδης (Καθηγητής Πανεπιστημίου), Χάρης Τσιρκινίδης (Ιστορικός-συγγραφέας), Κώστας Ζουράρις (Πολιτειολόγος), Στέλιος Παπαθεμελής (Πρόεδρος Δημοκρατικής Αναγέννησης) κ.ά.

•Στις 14 - 18 Αυγούστου το 1996, 85 σχεδόν χρόνια μετά τον ξεριζωμό, η ΠΟΠΣ οργάνωσε ταξίδι-προσκύνημα στον ιστορικό Πόντο με τη συμμετοχή 150 εκπροσώπων Ομοσπονδιών από της ΗΠΑ-Καναδά, Αυστραλία, Ευρώπη και σωματείων απ΄ όλο τον κόσμο, εκπροσώπων του Ελληνικού Κοινοβουλίου, της Τοπικής Αυτοδιοίκησης, των Μ.Μ.Ε. και επιστημονών. Οι εκπρόσωποι αυτοί με ειδική πτήση από Θεσσαλονίκη για Τραπεζούντα,  συναντήθηκαν με 220 εκπρόσωπους από χώρες της πρώην ΕΣΣΔ.  Τέλεσαν μνημόσυνο στην Ιστορική Μονή Σουμελά, στη μνήμη των 353.000 θυμάτων της Γενοκτονίας, συναντήθηκαν με ποντιόφωνους μουσουλμάνους που ζουν σήμερα στην Τουρκία και επισκέφθηκαν ιστορικά μνημεία όπως, Τις Ιερές Μονές Βαζελώνα και Περιστερεώτα, εκκλησίες και εκπαιδευτικά ιδρύματα των προγόνων τους που κατά δεκάδες βρίσκονται εγκαταλελειμμένες σε πόλεις και χωριά της σημερινής Τουρκίας. Η προγραμματισμένη ημερίδα στην Τραπεζούντα με θέμα "Από τη Θεσσαλονίκη στον Καύκασο" δεν έγινε δυνατόν να πραγματοποιηθεί, λόγω της έντασης που το 1997 είχε δημιουργήσει η Τουρκία στην Κύπρο, οπότε υποχρεώθηκε η αποστολή να μετακινηθεί με πούλμαν μέχρι το Βατούμ, όπου και τελικά πραγματοποιήθηκε με μεγάλη επιτυχία.

•Τον Ιούνιο του 1998 η Πανελλήνια Ομοσπονδία Ποντιακών Σωματείων, σε συνεργασία με το Συμβούλιο Απόδημου Ελληνισμού, την Παν-ποντιακή Ομοσπονδία ΗΠΑ-Καναδά και το ΠΑΣΠΕ, πραγματοποίησε στη Νέα Υόρκη, επιστημονικό forum για την ιστορική και νομική τεκμηρίωση της Γενοκτονίας σε βάρος των Ελλήνων του Πόντου. Σ΄ αυτό συμμετείχαν  εκπρόσωποι από 110 σωματεία από την Αμερική, την Ελλάδα, την Ευρώπη, τις χώρες της πρώην ΕΣΣΔ και την Αυστραλία. Στην συνέχεια   κατετέθη υπόμνημα στον ΟΗΕ, το οποίο είχε συνταχθεί από ομάδα επιστημόνων που επικεφαλής της είχε, τον Καθηγητή κ. Πολυχρόνη Ενεπεκίδη, το Διεθνολόγο Καθηγητή κ. Βενιαμίν Καρακωστάνογλου, τους Ιστορικούς κ. Χαράλαμπο Τσιρκινίδη, Βλάση Αγτζίδη, Αχιλλέα Ανθεμίδη, Εύη Κουσίδου, ώστε να προωθηθεί η διεθνής αναγνώριση της Γενοκτονίας. Η επιδίωξη αυτή αποτελεί για την Πανελλήνια Ομοσπονδία Ποντιακών Σωματείων, και τα σωματεία μέλη της και όσους την υπηρετούν, εθνικό και ιστορικό χρέος.

•Αντίστοιχα συνέδρια πραγματοποιήθηκαν με πρωτοβουλία της ΠΟΠΣ από το 1996-2004 στη Βοστόνη, τη Νέα Υόρκη, τη Φιλαδέλφεια, το Τορόντο του Καναδά, την Μελβούρνη και το Σίδνεϋ της Αυστραλίας, σε πόλεις της Ελλάδας  της Γερμανίας, τη Μόσχα αλλά και σε άλλες πόλεις, σε συνεργασία με το ΠΑΣΠΕ, Ποντιακές Ομοσπονδίες, τις Ελληνικές Κοινότητες & Πανεπιστημιακά Ιδρύματα.

•Το Μάιο του 2000 η ΠΟΠΣ συμμετείχε στο Συνέδριο που διοργάνωσε η Π.ΣΕ.Κ.Α. υπό την αιγίδα του ΣΑΕ στην Ουάσιγκτον, στο οποίο συμμετείχαν υψηλοί πολιτειακοί, οικονομικοί και κοινωνικοί παράγοντες των ΗΠΑ, στους οποίους τέθηκε το Κυπριακό ζήτημα, αλλά και το θέμα της Γενοκτονίας του Ελληνισμού της Ανατολής από τις Τουρκικές Κυβερνήσεις (1914-1923), με στόχο τη διεθνοποίηση του θέματος και την αναγνώρισή του από την Παγκόσμια κοινότητα.

•Οργάνωσε και πραγματοποίησε δύο πανελλήνια συνέδρια για την νεολαία, δύο πολιτιστικά φεστιβάλ χορού, τέσσερις εκθέσεις φωτογραφίας και παρουσίαση ντοκουμέντων για τη Γενοκτονία των Ποντίων. Το 2002 πραγματοποίησε στη Θεσσαλονίκη μεγάλη πολιτιστική εκδήλωση με την παρουσία εκπροσώπων 100 ποντιακών σωματείων, της πολιτικής ηγεσίας και χιλιάδων ποντίων με την ευκαιρία της συμπλήρωσης 30 χρόνων από την ίδρυση της ΠΟΠΣ.

•Συνέλαβε το 1993 την ιδέα της πραγματοποίησης του Συνεδρίου Εθνικής Αυτογνωσίας. ΄Ετσι κάθε χρόνο η ΠΟΠΣ συμμετέχει ενεργά με τα σωματεία - μέλη της στη διοργάνωσή του, που πραγματοποιείται κάθε χρόνο από  συλλόγους που λειτουργούν και δραστηριοποιούνται σε διαφορετικές πόλεις της Ελλάδας. Στα συνέδρια αυτά συμμετέχουν πρωτοβάθμια σωματεία από όλη την Ελλάδα με στόχο την μελέτη, διάσωση και διάδοση της πολιτιστικής κληρονομιάς του Ελληνισμού του Πόντου. Μέχρι το 2007 έχουν πραγματοποιηθεί 13 συνέδρια: (Φλώρινα, Βέροια, Σέρρες, Πειραιάς, Λαγκαδάς, Καβάλα, Εύοσμος Θεσσαλονίκης, Κατερίνη, Ν. Λιόσια Αττικής, Έδεσσα, Πρέβεζα, Περαία, Χαλκιδική).

•΄Εχει εκδώσει δύο ημερολόγια-λευκώματα με ειδική αναφορά στην Ιστορία του Πόντου, αντιπροσωπευτικές "κάρτες" από γκραβούρες από τον ιστορικό Πόντο, σε συνεργασία με την ΄Ενωση Ποντιακής Νεολαίας Ελλάδος. ΄Εντυπα με αναφορές στα προβλήματα των Ελλήνων των χωρών της πρ. ΕΣΣΔ.

•Από το 1999 η ΠΟΠΣ πραγματοποιεί κάθε χρόνο ημερίδα στο ξενοδοχείο HYATT REGENCY, με ειδικά θέματα (εργασιακά, εκπαιδευτικά, επαγγελματικά κ.ά.) που αφορούν τους ΄Ελληνες της πρώην ΕΣΣΔ, κατά τη διάρκεια των οποίων έχουν κάνει εισηγήσεις δεκάδες πολιτικοί, ιστορικοί και επιστήμονες.

•Από το 1990 στη Θεσσαλονίκη κάθε χρόνο λειτουργεί τμήματα εκμάθησης της ελληνικής γλώσσας, στα οποία έχουν πάρει μέρος εκατοντάδες ΄Ελληνες από τις χώρες της πρώην ΕΣΣΔ, ενώ αντίστοιχα τμήματα λειτουργούν σε διάφορες πόλεις της Ελλάδος, τα οποία στηρίζει οικονομικά για την ολοκλήρωσή τους.

•Η ΠΟΠΣ έχει πραγματοποιήσει από το 1972 μέχρι σήμερα εκατοντάδες πολιτιστικές εκδηλώσεις σε πόλεις της Ελλάδας και του εξωτερικού. Βράβευση κατ΄ έτος μαθητών και φοιτητών, "Χριστουγεννιάτικες" και "Πασχαλιάτικες" εκδηλώσεις. Εκδήλωση προς τιμήν των Ολυμπιονικών ποντιακής καταγωγής το 2004, εκδηλώσεις για τους συμπατριώτες της τρίτης ηλικίας, εκδηλώσεις με τη συμμετοχή των πατριωτών μας από τις χώρες της πρώην ΕΣΣΔ, αντιρατσιστικές και αντιπολεμικές εκδηλώσεις διαμαρτυρίας από την Επιτροπή Γυναικών κ.ά. Σ΄ αυτές συμμετείχαν, παιδιά, νεολαίοι και ηλικιωμένοι απ΄ όλη τη χώρα, καθώς και δεκάδες πόντιοι καλλιτέχνες και επιστήμονες.

•Στις 4 Δεκεμβρίου 1999 εγκαινίασε το κτίριο που της παραχωρήθηκε στην Άνω Πόλη, από αρμόδια Υπουργεία, στο οποίο στεγάζονται: γραφεία-βιβλιοθήκη της Π.Ο.Π.Σ., το Κέντρο Υποστήριξης Παλιννοστούντων Ελλήνων, το Ινστιτούτο Μελέτης και Τεκμηρίωσης της Ιστορίας του Ελληνισμού της Ανατολής και το Παγκόσμιο Συμβούλιο Ποντιακού Ελληνισμού.

•Με τις προτάσεις της, συμμετείχε ενεργά στη διαμόρφωση του νόμου 2790/2000 "Περί αποκατάστασης των παλιννοστούντων ομογενών από την πρώην ΕΣΣΔ".

•Ο Δήμαρχος Θεσσαλονίκης και το Δημοτικό Συμβούλιο με απόφασή τους, υλοποίησαν την πρόταση της Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ποντιακών Σωματείων για ανέγερση Μνημείου της Ποντιακής Γενοκτονίας στην πλατεία Αγίας Σοφίας της Θεσσαλονίκης.

•Υστερα από πρότασή της, μπήκε το 1996 η ποντιακή φορεσιά στην Προεδρική Φρουρά με την σύμφωνη γνώμη του τότε Προέδρου της Ελληνικής Δημοκρατίας κ. Κωνσταντίνου Στεφανόπουλου.

•Μετά από πολύχρονες προσπάθειες της ΠΟΠΣ, προς το Υπουργείο Παιδείας, πέρασε ένα μέρος της Ποντιακής Ιστορίας στα σχολικά βιβλία.

•Η Επιτροπή Νεολαίας της ΠΟΠΣ, τον Ιούνιο του 2003 πραγματοποίησε διημερίδα με θέμα: "Ευρωπαϊκή ολοκλήρωση Ελλάδα-Τουρκία: προοπτικές και προϋποθέσεις" στη Βέροια και την Κατερίνη, με ομιλητές τους κυρίους Ιωάννη Κουκιάδη (Ευρωβουλευτή), Χρήστο Φώλια (Υφυπουργό Οικονομίας & Οικονομικών), Αλέκο Αλαβάνο (Πρόεδρο Συνασπισμού της Αριστεράς των Κινημάτων & της Οικολογίας), τα συμπεράσματα της οποίας τέθηκαν υπόψιν κομμάτων και Ευρωβουλευτών της Ελλάδας και του εξωτερικού.

•Τον Δεκέμβριο του 2004 η ΠΟΠΣ σε συνεργασία με τις Προσφυγικές Ομοσπονδίες των Μικρασιατών, Θρακιωτών, Κυπρίων, Ιμβρίων & Τενεδίων, πραγματοποίησε ημερίδα με θέμα: "Ο προσφυγικός Ελληνισμός και η ενταξιακή πορεία της Τουρκίας στην Ευρωπαϊκή ΄Ενωση-Μαζί αλλά πώς;", τα πρακτικά της οποίας τέθηκαν υπόψιν Κομμάτων και Ευρωβουλευτών.

•Από το 1992 έφερε το θέμα της αναγνώρισης της Γενοκτονίας των Ποντίων στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. Ενώ σε συνεργασία με το ΠΑΣΠΕ συμμετείχε καθοριστικά στην οργάνωση και πραγματοποίηση εκδηλώσεων το Σεπτέμβριο και το Νοέμβριο του 2006 στις Βρυξέλλες, που συζητήθηκε η έκθεση για την ενταξιακή πορεία της Τουρκίας στην Ευρωπαϊκή ΄Ενωση. Σ΄ αυτή συμπεριλήφθηκε ειδική αναφορά στη Γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου και την υποχρέωση της Τουρκίας να συμβιβαστεί με το ιστορικό της παρελθόν.

•Από το 1991 η ΠΟΠΣ στα πλαίσια του Επιχειρησιακού Προγράμματος "Κοινωνικός Αποκλεισμός από την Αγορά Εργασίας", έχει πιστοποιηθεί ως φορέας Συνοδευτικών Υποστηρικτικών Υπηρεσιών (ΣΥΥ) και παρέχει τις υπηρεσίες στους ΄Ελληνες από τις χώρες της πρώην ΕΣΣΔ. Μέσω των προγραμμάτων έχει βοηθήσει στην κοινωνική ένταξη, στην εκμάθηση της ελληνικής γλώσσας, στον επαγγελματικό προσανατολισμό και τη στεγαστική τους αποκατάσταση.

Η ΠΟΠΣ, πιστοποιημένη ως φορέας παροχής υπηρεσιών ήδη έχει πραγματοποιήσει ΣΥΥ σε 50 ολοκληρωμένα προγράμματα του Επιχειρησιακού Προγράμματος "Κοινωνικός Αποκλεισμός από την Αγορά Εργασίας" από το 1996 έως και το 2007.

Τα προγράμματα του ΚΕΣΥΥ της ΠΟΠΣ παρακολούθησαν συνολικά περισσότερες από 5.000 οικογένειες συμπατριωτών μας από τις χώρες της πρώην ΕΣΣΔ. Ενώ στην όλη υποστηρικτική δουλειά, έχουν απασχοληθεί πάνω από 50 επιστήμονες συνεργάτες της ΠΟΠΣ.

•Στα πλαίσια της Κοινοτικής Πρωτοβουλίας EQUAL συμμετείχε στην Αναπτυξιακή Σύμπραξη με την επωνυμία "DREAM", σε συνεργασία με την ΕΡΤ3 και άλλους φορείς όλης της χώρας και εκπόνησε πρόγραμμα με θέμα: "Καταπολέμηση του ρατσισμού και της ξενοφοβίας στα Μέσα Ενημέρωσης" από τα τέλη του 2002 μέχρι και το 2004 με τη συμμετοχή 100 ατόμων.

•Η ΠΟΠΣ σε συνεργασία με τα ΔΣ των ποντιακών σωματείων-μελών της, δραστηριοποιείται σε όλη την Ελλάδα, συνεχίζει δυναμικά να προβάλει στην ελληνική κοινωνία, αλλά και σε ολόκληρο τον κόσμο θέματα της ιστορίας και του πολιτισμού των Ελλήνων του Πόντου. Ενώ συνεχίζει να αγωνίζεται σε όλα τα επίπεδα για τη διεθνή αναγνώριση της Γενοκτονίας των Ελλήνων του Πόντου, για τα ανθρώπινα δικαιώματα χιλιάδων "ποντιόφωνων της Τουρκίας", που δεκαετίες τώρα καταπατούνται ή στραγγαλίζονται, για την τύχη των Ελληνικών-Χριστιανικών μνημείων στη Τουρκία που καταστρέφονται ή μεθοδευμένα επιχειρείται η αλλοίωση της ιστορίας, της προέλευσης και της φυσιογνωμίας τους και για την καθιέρωση από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο της 19ης Μαΐου, ως Ευρωπαϊκής Ημέρας Μνήμης των θυμάτων του Κεμαλισμού.

•Από το 2004 η ΠΟΠΣ συμμετέχει κάθε χρόνο με περίπτερο στο φεστιβάλ Βιβλίου Θεσσαλονίκης και στη "Βαλκανική Πλατεία" του Δήμου Νεάπολης